设立卫尉寺后，第一个要确定的就是级别。
大明的五寺被朱由检调整级别后，目前有大理寺、太常寺、太仆寺三个正三品衙门，光禄寺、鸿胪寺两个从三品衙门。
因为是打算用从三品指挥同知提督，卫尉寺的级别，被朱由检定为从三品。
群臣对此有些异议，因为他们很想将卫尉寺定为正三品，以锦衣卫指挥使提督。
这样即使皇帝另外任命锦衣卫指挥使掌印，锦衣卫明面上也有了两个正三品实职，卫尉寺卿可以在他们支持下和锦衣卫掌印争权。
朱由检当然不允许这样的事情发生，主动压低了卫尉寺的级别，将它定为从三品。
面对群臣将卫尉寺定为正三品衙门的要求，朱由检道：
“卫尉寺卿提升为正三品也可以，但是要列入刑部侍郎候选，可以转任三法司官员。”
“如果你们同意这一点，朕就定为正三品。”
群臣这下不说话了，六部侍郎和尚书、大学士一样，都是他们的自留地，需要廷推任命。
如果将卫尉寺卿列入刑部侍郎候选，并且能转任三法司其他部门。那就多了一群争夺官位的锦衣卫官员，外面的文官能骂死他们。
但是不答应这一点，皇帝又以名不副实为由，不同意将卫尉寺卿定为正三品。
这让他们只能作罢，把卫尉寺定为从三品衙门。
如此一来，卫尉寺卿想要升迁，仍旧是担任锦衣卫指挥使。这个职位的任命权，完全在皇帝手里。
皇帝掌握着卫尉寺卿的前途，自然能对其约束。而不像以前那样，对锦衣卫指挥没有任命权。
“现在的朝臣没认识到卫尉寺的重要性，以后他们就知道了。”
“这可是公检法中最重要的公啊，放在后世通常都要兼任政府副长和政法委副书记——”
“职权比检察院、法院这样的独立机构还要大！”
完全是按公共安全机构设置的卫尉寺，朱由检觉得在和平年代，它的职权会很大。所以才不惜抛出卫尉寺卿和少卿的任命权，也要在外廷设立这個衙门。
独立任命属官的权力，也可以在卫尉寺设立垂直管理的地方机构时，直接在锦衣卫内部任命，不受外廷干涉。
这是他手中最锋利的一柄刀，他要握紧刀把子。
完全体的锦衣卫监，将拥有情报中心、总队武装、以及卫尉寺执法权。权力和责任之大，连朱由检自己都有些害怕：
“大明的文官，根本不知道这是什么样的怪兽。”
“就是袁可立这样的能臣，囿于时代也看不出来。”
“拥有武装和执法权的情报机构，在任何时代都非常可怕。”
这样的情报机构，可以称为克格勃，更可以称为内务部。后世的绝大部分国家，都不允许这样的机构存在。
朱由检设立这样的机构，是为了在必要时清理朝堂，甚至用锦衣卫和效忠自己的卫所世官，重新打下天下。
这是最深层的目的，目前看来还不需要。
所以朱由检在设计之初就对锦衣卫加以限制，把它分割为相对独立的四个司房。
同时派出太监约束，由内廷掌握钱粮发放。
锦衣卫官员也多用卫所世官，保证他们有较高的忠诚度、背叛成本极大。
只是即便如此，朱由检还觉得不保险。在群臣的要求下把卫尉寺卿和少卿任命权抛了出去，给外廷开了一个口子，以便在必要的时候，用外廷约束锦衣卫——
如果锦衣卫以后尾大不掉失去控制，只需要放开对卫尉寺的保护，外廷就会把卫尉寺夺过去，废掉锦衣卫执法权。
至于锦衣卫的武装力量，侍卫总队和警卫总队朱由检打算任命大臣执掌。内廷还有独立的御马监腾骧四卫，必要时可以把锦衣卫武装缴械，只保留情报职能。
就算这样，朱由检还是觉得不保险，打算把锦衣卫掌握的土地和军户拨给上林苑监，以上林苑监屯田。军匠也拨给其它内廷衙门，确保锦衣卫无法自己赚钱。
设置了层层保险之后，朱由检才放出锦衣卫这个怪兽，让它发育一段时间，帮助自己掌权。
“现在我有些理解，太祖为何设立锦衣卫，又多次加以限制了。”
“成祖设立东厂的原因，我也完全明白了。”
锦衣卫非常好用，也很容易膨胀。
以前的锦衣卫虽然职能不太明确，但毫无疑问拥有武装，而且有搜集情报和抓捕人的权力，甚至能在诏狱定人生死。
这样的权力实在太可怕了，以至于太祖、成祖也不得不加以制约，避免锦衣卫膨胀过度。
文官目前对锦衣卫最警惕的还是诏狱和抓捕人的权力，对锦衣卫的限制也主要通过佥批。
却不知情报机构的核心永远都是情报，只要情报工作做得好，控制佥批也不是不可能的事情。
锦衣卫接下来会如何发展，连朱由检也难以判断。只能先提前设置枷锁，再根据形势决定是否收紧。
现在他还要给锦衣卫争权，帮自己掌握权力。
按照“定职能、定机构、定编制”这三定规定，朱由检设置卫尉寺后，又开始细化它的职能：
“卫尉寺负责捕盗，朝廷和地方有捕盗职能的衙门，都要配合卫尉寺。”
“如京城的兵马司，地方的巡检司，县衙的三班衙役，都要配合卫尉寺的工作。”
“在卫尉寺拿出经过佥批的命令时，无条件配合辅佐。”
这是在强化卫尉寺职权，群臣本能地想要反对，又想到卫尉寺的命令需要佥批，大部分人也就同意下来。
唯有袁可立还怀着警惕，担心卫尉寺胡乱插手其它事情，要求限制职权：
“陛下，五城兵马司除了巡捕盗贼之外，还有城门兵马。”
“城中许多事务也归兵马司管辖，其迁转视京知县。”
“应明确卫尉寺职权，仅限于巡捕盗贼。”
朱由检正想插手五城兵马司，闻言当即说道：
“卫尉寺的内部机构还没成立，具体职能可以再议。”
“现在吏部和兵部、刑部、都察院、大理寺都在，就先推选卫尉寺卿、少卿。”
提出几个人选，让群臣推选。
这件事在群臣看来更重要，也就放下了对卫尉寺职权的争论，开始推选寺卿。
最终的结果不出朱由检所料，刘侨这个杨涟奏疏中提过的、不肯杀人媚人屈从魏忠贤的锦衣卫指挥，被推举为卫尉寺卿。
他是兵部尚书刘天和后代，曾祖刘守有是第一位担任锦衣卫掌印的文臣荫武后裔。文荫子弟掌握锦衣卫大权，就是从刘守有开始。
两个卫尉寺少卿，也被群臣推举郭承昊和吴孟明担任。这两人同样是兵部尚书后代、世袭正五品千户，先前一个是南镇抚司佥书，一个是北镇抚司理刑。
文官是一点遮掩都没有，都用了文荫子弟。